吉水本为石阳、吉阳二县地，夏时属扬州，位于扬州地域之西境。商末为吴地。周武王克商定天下后至春秋，属吴地，战国时属楚。秦始皇统一中国后，江西属九江郡，置庐陵县，吉水属之。西汉高帝元年(公元前206年)至西晋太康元年(公元280年)，吉水分别隶属庐陵县、桓亭、庐陵郡。宋、齐、梁、陈时，吉水仍属庐陵郡。隋开皇十年(公元590年)，改庐陵郡为吉州，将石阳、吉阳二县并入庐陵县。大业三年，改吉州为庐陵郡，将郡治移于原石阳县治旧址(今吉水县醪桥镇固州村)。唐武德五年(公元622年)，改庐陵为吉州。天宝时，吉州又改为庐陵郡。天宝之乱后，吉水由县改吉水镇，镇治设城南，后由镇复县。南唐升元二年(公元938年)，吉水由县改为吉水场。南唐保大八年(公元950年)，吉水场升为吉水县，属吉州。

北宋初，江西仍属南唐，开宝八年(公元975年)，南唐被北宋所灭，吉州改称吉州庐陵都兼军事，吉水属之。太平兴国元年(公元976年)，分江南东西路，吉水属江南西路。

元初，江西改称江西行省，吉州庐陵郡改称吉州路，吉水属之。元贞元年(公元1295年)吉水升县为州。明洪武元年(1368年)， 改吉安路为吉安府，吉水属之。洪武二年，吉水降州为县。洪武九年，改江西省为江西承宣布政使司，下设五道，吉安府属湖西道，吉水属之。清沿旧制。康熙二十一年，裁湖西道。雍正九年(1731年)，以吉安府辖岭北道，为分巡吉南赣道，编户431里。

中华民国期间，废府及其辖州。民国三年(1914年)，划分全省为四道，吉水属庐陵道。民国十五年，道废，县属于省。民国二十四年，改属江西省第三行政区。中华人民共和国成立后，隶属江西省吉安地(专)区，2000年撤销吉安地区设立地级吉安市，吉水县今属吉安市。

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